梨锈病是一种常见的梨树疾病，会降低梨树的产量和品质。对于已经发生梨锈病的果树，要彻底根治需要采取以下措施：

1. 及时移植病原体：梨锈病主要是由真菌引起的，因此及时将受感染部分移植，避免病原体的扩散。

2. 坚持清洁管理：在平时的管理过程中，定期整理果园，及时清除落叶和枯枝，来清除隐藏在果树底下的真菌孢子。

3. 实行化学防治：在病情严重的情况下，可使用化学药剂进行喷洒。建议选择阳性离子甲基三唑等药剂，严格按照药剂配方和用药规定使用，避免对环境造成污染。

4. 优化果树生长环境：保证梨树的生长条件，使其健康成长。同时，合理的施肥和浇水可以提高梨树的抗病性，减少病害的发生。

5. 科学治疗：在实施防治措施的同时，还要选择适当的药物进行治疗。比如可以选择40%百菌清等杀真菌剂，浓度为1000倍，喷洒梨树的叶面。

总之，在实际的防治过程中，要多方面入手，采取综合措施，才能彻底根治梨锈病。同时，建议果农定期进行预防和检查，及时发现异常情况，做好果树的健康管理工作。